Thông tư nêu rõ, người nộp phí là các cơ quan, tổ chức, cá nhân đề nghị cơ quan có thẩm quyền ở trung ương thực hiện thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường. Người nộp phí thực hiện nộp phí thẩm định trong thời gian từ thời điểm nộp hồ sơ đề nghị thẩm định, thẩm định lại đến trước khi tổ chức họp Hội đồng thẩm định. Phí nộp trực tiếp cho tổ chức thu phí hoặc nộp vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách của tổ chức thu phí mở tại Kho bạc nhà nước.

Biểu mức thu phí thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường được quy định như sau:

Mức thu phí thẩm định lại báo cáo đánh giá tác động môi trường bằng 50% mức thu phí thẩm định lần đầu tương ứng trong Biểu nêu trên.

Nhóm dự án được quy định như sau: Nhóm 1. Dự án công trình dân dụng; Nhóm 2. Dự án hạ tầng kỹ thuật (trừ dự án giao thông); Nhóm 3. Dự án nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản, thủy lợi; Nhóm 4. Dự án giao thông; Nhóm 5. Dự án công nghiệp; Nhóm 6. Dự án xử lý chất thải và cải thiện môi trường và các Dự án khác (không thuộc nhóm 1, 2, 3, 4, 5 nêu trên).

Đối với các dự án thuộc từ 02 nhóm trở lên thì áp dụng mức phí của nhóm có mức thu cao nhất.

Thông tư 56 có hiệu lực thi hành từ 10/8/2018.