Nghị định quy định đối tượng chịu phí bảo vệ môi trường là nước thải công nghiệp và nước thải sinh hoạt, trừ một số trường hợp được miễn phí. 

Mức phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt là 10% trên giá bán của 1 mét khối nước sạch chưa bao gồm thuế giá trị gia tăng. Trường hợp cần thiết áp dụng mức thu cao hơn, Hội đồng nhân dân cấp tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quyết định mức cụ thể phù hợp với tình hình thực tế tại địa phương. Đối với nước thải sinh hoạt thải ra từ các tổ chức, hộ gia đình tự khai thác nước để sử dụng (trừ hộ gia đình thuộc trường hợp được miễn phí) thì mức phí được xác định theo từng người sử dụng nước căn cứ vào số lượng nước sử dụng bình quân của một người trong xã, phường, thị trấn nơi khai thác và giá bán 1 m3 nước sạch trung bình tại xã, phường, thị trấn.

Mức phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp được tính như sau: F = f C. Trong đó: F là số phí phải nộp; f là mức phí cố định 1.500.000 đồng/năm; C là phí biến đổi, tính theo: Tổng lượng nước thải ra; hàm lượng thông số ô nhiễm và mức thu đối với mỗi chất. Cơ sở sản xuất, chế biến có tổng lượng nước thải dưới 20 m3/ngày đêm, không áp dụng mức phí biến đổi.

Nghị định quy định số phí bảo vệ môi trường phải nộp đối với nước thải sinh hoạt được xác định như sau: Số phí phải nộp (đồng) = Số lượng nước sạch sử dụng (m3) x Giá bán nước sạch (đồng/m3) x Mức thu phí. 

Số phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp được xác định như sau:

- Số phí cố định phải nộp là 1.500.000 đồng/năm;

- Số phí biến đổi (C) theo quy định ở trên được tính cho từng chất gây ô nhiễm theo công thức sau: Số phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp phải nộp (đồng) = Tổng lượng nước thải thải ra (m3) x Hàm lượng chất gây ô nhiễm có trong nước thải (mg/l) x 10-3 x Mức thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp của chất gây ô nhiễm thải ra môi trường (đồng/kg). 

- Trường hợp có lượng nước thải trung bình trong năm tính phí dưới 20 m3/ngày đêm, số phí cố định (f) phải nộp là: 1.500.000 đồng/năm;

- Trường hợp có lượng nước thải trung bình trong năm tính phí từ 20 m3/ngày đêm trở lên, số phí phải nộp hàng quý được tính theo công thức sau: Fq = (f/4) Cq 

Trong đó: Fq là số phí phải nộp trong quý (đồng); f = 1.500.000 đồng; Cq là số phí biến đổi phải nộp trong quý. 

Nghị định cũng quy định các trường hợp được miễn phí bảo vệ môi trường đối với nước thải gồm: Nước xả ra từ các nhà máy thủy điện, nước tuần hoàn trong các cơ sở sản xuất, chế biến mà không thải ra môi trường dưới bất kỳ hình thức nào (chất rắn, chất lỏng, chất khí). Nước biển dùng vào sản xuất muối xả ra. Nước thải sinh hoạt của các tổ chức, cá nhân, hộ gia đình ở địa bàn đang được Nhà nước thực hiện chế độ bù giá để có giá nước phù hợp với đời sống kinh tế - xã hội. Nước thải sinh hoạt của các tổ chức, cá nhân, hộ gia đình ở các xã thuộc vùng nông thôn và những nơi chưa có hệ thống cấp nước sạch. Nước làm mát thiết bị, máy móc không trực tiếp tiếp xúc với các chất gây ô nhiễm, có đường thoát riêng. Nước mưa tự nhiên chảy tràn (trừ diện tích thuộc khu vực nhà máy hóa chất). Nước thải từ các phương tiện đánh bắt thủy, hải sản của ngư dân. Nước thải sinh hoạt tập trung do đơn vị quản lý, vận hành hệ thống thoát nước tiếp nhận và đã xử lý đạt tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quy định xả thải ra môi trường.

Nghị định quy định rõ Sở Tài nguyên và môi trường thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp. Căn cứ vào yêu cầu thu phí của mỗi địa phương và khả năng quản lý của cơ quan tài nguyên môi trường cấp huyện, Sở Tài nguyên và Môi trường có thể báo cáo Ủy ban nhân dân cấp tỉnh để phân cấp cho Phòng Tài nguyên và Môi trường cấp huyện thực hiện việc thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp trên địa bàn.

Đơn vị cung cấp nước sạch thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt của các tổ chức, cá nhân sử dụng nước sạch. Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt của các tổ chức, cá nhân, hộ gia đình tự khai thác nước để sử dụng.